Trước trận bán kết Cúp QG 2024/25 gặp Sông Lam Nghệ An, CLB Bình Dương nhận tin kém vui khi bị phạt 2 triệu đồng vì có 5 cá nhân nhận thẻ vàng ở trận tứ kết gặp Phù Đổng Ninh Bình hôm 29/3. Các cầu thủ phạm lỗi gồm Quế Ngọc Hải, Trần Trung Hiếu, Hà Đức Chinh, Trần Minh Toàn và phiên dịch Lê Đức Thắng. Trong khi đó, phía Ninh Bình chỉ có một người phải nhận thẻ.
Ngày 01/4/2025, Ban Kỷ luật Liên đoàn bóng đá Việt Nam ban hành Quyết định kỷ luật số 206/QĐ-LĐBĐVN đối với vi phạm của CLB bóng đá Becamex Bình Dương.
Trận đấu gây tranh cãi khi Bình Dương dẫn 2-1 đến phút cuối thì trọng tài thổi phạt đền do xác định Minh Toàn phạm lỗi trong pha không chiến ở vòng 5m50. VAR vào cuộc nhưng quyết định không thay đổi. Ninh Bình tận dụng cơ hội gỡ hòa 2-2 rồi kéo trận đấu vào loạt luân lưu. Dù vậy, Bình Dương vẫn giành chiến thắng để giành vé vào bán kết. Sau trận, không chỉ Bình Dương bị phạt, tổ trọng tài chính và tổ VAR cũng bị VFF kỷ luật vì những sai sót chuyên môn.
Vượt qua Nam Định và Ninh Bình, đội bóng đất Thủ sẽ làm khách trước SLNA ở bán kết ngày 26/6. Trước đối thủ bị đánh giá thấp hơn, Bình Dương có cơ hội lớn vào chung kết. Nếu vượt qua SLNA, họ sẽ gặp Thể Công Viettel hoặc CAHN trong trận đấu quyết định. Cúp Quốc gia sẽ là cứu cánh cho một mùa giải không ổn định, đồng thời là con đường để Bình Dương góp mặt tại AFC Cup mùa tới.
